Pada dasarnya isolasi senyawa kimia dari bahan alam itu adalah sebuah usaha bagaimana caranya memisahkan senyawa yang bercampur sehingga kita dapat menghasilkan senayawa tunggal yang murni. Kita ambil saja sebuah contoh, bagaimana cara mengisolasi senyawa dari tumbuhan. Tumbuhan itu mengandung ribuan senyawa, baik yang dikategorikan sebagai metabolit primer ataupun metabolit sekunder. Biasanya proses isolasi senyawa dari bahan alami ni mentargetkan untuk mengisolasi senyawa metabolit sekunder, karena senyawa metabolit sekunder diyakini dan telah terbukti dapat memberikan manfaat bagi terhadap kehidupan manusia. Antaralain manfaatnya adalah dalam bidang pertanian, kesehatan, pangan kosmetik dll.
Misalkan suatu ketika anda menemukan ataupun mendapatkan informasi tentang sebuah tumbuhan yang bisa digunakan dalam pengobatan suatu penyakit tertentu. Tentu saja tumbuhan tersebut bisa memberikan efek karena ada sesuatu yang dikandungnya. Bagaimana cara kita mengetahui apa jenis senyawa yang dikandung oleh tumbuhan tersebut yang dapat memberikan efek farmakologis itu? Salah satu caranya adalah dengan cara mengisolasi senyawa kimia yang terdapat dalam tumbuhan tersebut dan kemudian mengujikan aktivitas farmakologisnya. Apakah semua senyawa yang terdapat dalam tumbuhan itu bisa diisolasi? Jawabnya adalah tidak mungkin. Karena terdapat jutaan senyawa dalam tumbuhan tersebut, dan biasanya yang memberikan efek farmakologis itu adalah senyawa-senyawa yang persentasenya didalam tumbuhan itu besar, dan bisanya juga memang senyawa-senyawa ini yang mudah diisolasi.
Bagaimana cara isolasi senyawa kimia dari Tumbuhan? Secara garis besarnya tahapan dalam isolasi senyawa dari bahan alam adalah sbb:
1. Melakukan ekstraksi dengan menggunakan pelarut organik.
2. Melakukan pemisahan dengan berbagai metoda kromatografi antara lain menggunakan metoda partisi, kromatografi kolom, Kromatografi planar, kromatografi radial, HPLC dll.
3. Elusidasi struktur senyawa yang telah diisolasi dengan menggunakan berbagai metoda spectroskopi seperti Inframerah, spektum massa, NMR dll
4. Ujikan aktivitas farmakologis senyawa yang telah berhasil diisolasi
drutama ~ Amantadin 